2ちゃんねるでは、しばしば「鯖移転」が行われます(ヤドカリのお引っ越しみたいなものですな)。急にスレッド一覧を取得できなくなった場合、鯖移転(サーバ移転)が行われた可能性があります。
このバージョンの CocoMonar では、サーバの移転先を自動追尾するようになったので、通常はサーバ移転があっても特に問題なく動作します。しかし、まれにこの機能が動作しないことがあります(2ちゃんねる側が追尾に必要な情報を提供しない場合があるためです)。この場合は、手作業で CocoMonar に新しい掲示板のアドレスを教える必要があります。
もっと詳しく知りたいときは、次の情報を参照してください:
[TIL 002]掲示板のアドレスを更新する方法
http://homepage.mac.com/tsawada2/til/KB002.html