mrc2Dto3D
2D画像を3D画像にする
オプション一覧
| オプション |
必須項目/選択項目 |
説明 |
デフォルト |
| -i |
選択 |
入力ファイル設定 |
NULL |
| -I |
選択 |
入力ファイル設定 |
NULL |
| -o |
必須 |
出力ファイル設定 |
NULL |
| -O |
選択 |
出力ファイル設定 |
NULL |
| -single |
選択 |
傾斜軸を一つに設定 |
1 |
| -InterpolationMode |
選択 |
展開モード |
1 |
| -Double |
選択 |
傾斜軸を2つに設定 |
|
| -DoubleCounter |
選択 |
-Doubleを宣言した上で使用
2つの傾斜軸を選択し、設定する |
NULL |
| -CounterThreshold |
選択 |
-Doubleを宣言した上で使用
波形の谷の閾値 |
1e-6 |
| -CounterThresholdMode |
選択 |
-Doubleを宣言した上で使用
波形の谷の閾値のモード |
0 |
| -WeightMode |
選択 |
-Doubleを宣言した上で使用
重心のモード |
0 |
| -thicknessWeight |
選択 |
-Doubleを宣言した上で使用
重心の深さ |
|
| -Sub |
選択 |
-Doubleを宣言した上で使用
下位サンプリング |
1 |
| -PlusXrot |
選択 |
rasmolのためにx軸を180°回転 |
|
| -SIRT |
選択 |
同時反復再構成法 |
|
| -max |
選択 |
-SIRTを宣言した上で使用
同時反復再構成法の最大値設定 |
30 |
| -rms |
選択 |
-SIRTを宣言した上で使用
同時反復再構成法の平方2乗平均を設定 |
1.0 |
| -CTF |
選択 |
-SIRTを宣言した上で使用
CTFInfoファイルを設定 |
NULL |
| -m |
選択 |
モード |
0 |
| -h |
選択 |
ヘルプを表示 |
|
-mの詳細
| モード |
説明 |
| 0 |
単純な逆投影 |
| 1 |
フィルター逆投影 |
-singleの詳細
| モード |
説明 |
| 0 |
傾斜軸をx軸と平行にする |
| 1 |
傾斜軸をy軸と平行にする |
-WeightModeの詳細
| モード |
説明 |
| 1 |
実空間:円(同じ密度) |
| 2 |
実空間:円(加重密度) |
| 3 |
実空間:正方形(加重密度) |
| 4 |
フーリエ空間:平面(同じ密度)-CounterThreshold 0.5とする |
| 5 |
フーリエ空間:線形包配 -CounterThreshold 0.5とする |
| 6 |
フーリエ空間:cos包配 -CounterThreshold 0.5とする |
-InterpolationModeの詳細
| モード |
説明 |
| 0 |
最短距離法 |
| 1 |
線形補間法 |
| 2 |
3次補間法 |
| 3 |
多項式法 |
オプション-Iのファイルフォーマット
filename0 RotationOrder0 rot1 rot2 rot3
filename1 RotationOrder1 rot1 rot2 rot3
・
・
・
RotationOrderの詳細
| 一桁目: |
どの軸から回転を始めるか設定 |
| 二桁目: |
回転軸の順番を設定1 |
|
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する
E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する |
| 三桁目: |
回転軸の順番の設定2 |
|
Y…順番を維持する
N…順番を逆順にする |
| 四桁目: |
回転方法を設定 |
|
Y…物体そのものをまわす
D…座標を移動させる |
******実行例******
------オプション-iで使用したファイルの詳細・出力結果------
使用した入力ファイル
| xy平面 |
zx平面 |
 |
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
0
0.175
0.00302838
0.0129759
8.75794e-06
|
出力結果
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
0
0.0872652
0.00352428
0.00653417
9.13179e-06
|
------オプション-Iで使用したファイルの詳細------
使用した入力ファイルの中身

・
・
・
例:a000-2.orgmrcの画像
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
0
37.8872
0.833407
4.20486
0.0420486
|
例:a004-2.orgmrcの画像
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
0
38.0379
0.833354
4.19112
0.0419112
|
※a000-2.orgmrcとa004-2.orgmrcは同じ物体で、傾斜角度が違う画像である
------オプション -single------
今回の傾斜軸は入力ファイルの詳細から、y軸となる
| xy平面 |
yz平面 |
zx平面 |
 |
 |
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
0
33.7425
0.92622
2.73412
0.00273412
|
------オプション -Double------
オプション-WeightMode,-CounterThreshholdを併用
-CounterThreshholdを2に設定
WeightMode:1
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-24.3363
115.7
-1.58352e-10
6.11368
0.00611368
|
WeightMode:2
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-23.6896
117.242
-8.14329e-09
6.12488
0.00612488
|
WeightMode:3
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-23.6896
117.242
-8.14329e-09
6.12488
0.00612488
|
WeightMode:4
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-40.5762
174.198
0.821701
8.99569
0.00899569
|
WeightMode:5
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-41.7929
185.856
0.821701
8.94568
0.00894568
|
WeightMode:6
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-43.5065
190.759
0.821701
9.38459
0.00938459
|
※-CounterThreshholdがデフォルトのままだと、この画像の場合うまく計算処理されず、以下のような画像が処理される場合がある

オプション -CounterThresholdModeを併用
オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2で実行
モード:0
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-24.3363
115.7
-1.58352e-10
6.11368
0.00611368
|
モード:1
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-20.1632
113.527
-8.04145e-10
5.91589
0.00591589
|
------オプション -InterpolationMode------
オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2で実行
InterpolationMode:0
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-24.6593
117.022
-4.08489e-09
6.13305
0.00613305
|
InterpolationMode:1
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-24.3363
115.7
-1.58352e-10
6.11368
0.00611368
|
InterpolationMode:2
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-26.0299
118.253
2.86921e-09
6.1544
0.0061544
|
InterpolationMode:3
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-40640.8
209412
3.35228e-06
10763.2
10.7632
|
------オプション -SIRT------
オプション -max,-rmsをデフォルト値で、オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2で実行
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-725.47
2563.64
6.83624e-07
130.514
0.130514
|
オプション -max=5,-rms=1で実行
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-234.062
575.77
-7.42642e-08
35.0409
0.0350409
|
------オプション -m------
モード:0
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
0
30.514
0.916102
2.14263
0.00214263
|
モード:1
 |
最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差
|
-54.8893
125.857
7.73532e-09
6.50251
0.00650251
|